RNA研究

单细胞测序(Single Cell Seq)

染色质开放程度,反映了染色质的转录活性状态,是研究基因表达调控的重要方向,在表观遗传图谱绘制、细胞分化和发育及各类疾病的发生发展研究中具有重要的作用。

单细胞ATAC-seq(Aaasay for transposase Accessible Chromatin with high throughput sequencing at the single cell level) 是指在单细胞水平上检测开放染色质的方法。其原理为基于Tn5转座酶对片段化DNA和整合入活化的调控区域的高敏感性。 目前,单细胞ATAC-seq技术可应用于肿瘤异质性、免疫微环境、神经科学、胚胎发育、细胞分化等领域的研究。

 

 

Tn5转座酶切割核DNA示意图

单细胞ATAC-seq流程

样本要求

类型:细胞系,原代细胞,冻存细胞,新鲜组织等

来源:血液提取、磁珠富集、流式富集、组织解离等

样本量:细胞>1x105 细胞/样本

细胞活率:大于80%,越高越好

数据量:25M reads pair/sample

数据分析

包括数据预处理,基础分析和高级分析,部分分析结果展示如下:

单细胞ATAC-seq检测平台